一种模拟微生态的益生菌的筛选方法，包括如下步骤：微生物益生菌培养；微生物益生菌固定化胶球的制备；微生物益生菌耐重金属性检测；微生物益生菌检测：将分离出的微生物益生菌进行活性检测，确定强耐重金属的微生物益生菌为枯草芽孢杆菌CGMCC No.5155、蜡状芽孢杆菌CGMCC No.13007及芽孢杆菌CGMCC No.15612；耐重金属益生菌反向筛选最佳配比。本发明采用反向筛选模型的方法筛选生物菌和修复剂配方，并采用固定化的方法将生物菌及其他成分制备成固定化小球施于重金属污染土壤中，制备的土壤复合修复剂能够显著地降低土壤活性态重金属，并使杂交水稻铅、镉的含量达标。