一种多细胞多微环境多微生态因子高通量精准对比分析与设计用微纳流控阵列芯片反应器，采用嵌入式结构，两层PDMS板通过十字管道键合。PDMS A板通过输入口与微纳流控管道构成“两输入，四输出”、“三输入，四输出”结构，将3种不同因子与缓冲溶液混合成64种含因子1、因子2与因子3的混合溶液。每一个含三种因子的溶液输出口与3个细胞悬浮液输入口连通。每种细胞由PDMS B板的输入口输入，通过两层板连通口流进对应细胞培养室，同一微环境下：对不同列细胞培养室实现3种不同细胞的平行培养；对同一列细胞培养室实现三个同种细胞平行培养。本发明用于监控在多微环境、多微生态因子影响与控制因子动态浓度刺激下多细胞状态与命运的实验研究与检测分析。