本发明公开了一种保证环境监测设备监测数据可比性的方法及装置，涉及环境监测设备技术领域，主要目的是保证环境监测设备测量结果的准确性，从而保证其测量数据的可比性。该方法包括：计算待测环境监测设备测量数据的平均测量误差，将平均测量误差大于预设平均测量误差的待测环境监测设备剔除或重新标定得到第一环境监测设备；计算多个第一环境监测设备之间测量数据的第一偏差，将第一偏差大于预设偏差的第一环境监测设备剔除或重新标定得到多个第二环境监测设备；计算多个第二环境监测设备和多个标准化监测设备之间测量数据的回归关系，将回归关系没有达到预设回归关系的第二环境监测设备剔除或重新标定得到多个第三环境监测设备。