本发明属于膜分离技术领域，涉及一种膜法制糖工艺中膜清洗的方法，所述方法包括如下步骤：(1)依次使用去离子水、氢氧化钠溶液、氢氧化钠和次氯酸钠的混合溶液以及去离子水清洗澄清膜；(2)依次使用去离子水、葡聚糖酶溶液以及氢氧化钠溶液清洗脱色膜；(3)依次使用去离子水、氢氧化钠溶液以及去离子水清洗浓缩膜；所述步骤(1)‑(3)不分先后顺序。本发明所述膜法制糖工艺中膜清洗的方法是针对澄清膜、脱色膜和浓缩膜的不同污染机理定制，可有效去除膜污染，恢复各级膜通量，保持膜法甘蔗制糖系统的稳定运行，对各级膜清洗废液的回用可减少耗水量、污水排放量和化学试剂消耗量。