本发明公开了一种扇贝分离蛋白-β-胡萝卜素乳液的制备方法，包括如下步骤：制备扇贝生殖腺脱脂粉、制备扇贝分离蛋白、制备扇贝分离蛋白溶液、制备油相、制备初级乳液及制备载营养物乳液。本发明以扇贝雌性生殖腺分离蛋白为乳化剂，食用油为载体油相，采用动态高压微射流技术制备乳液，并包埋β-胡萝卜素，制备一种新型的、稳定的、且可有效递送营养物质的乳液。通过本发明制备的乳液成本较低，且可以提高β-胡萝卜素稳定性，在食品工业具有较好的应用前景。本发明不仅为β-胡萝卜素乳液的制备提供了一种新的方法，也进一步扩大了β-胡萝卜素、扇贝雌性生殖腺在食品领域的应用。