本发明公开了一种鉴定水稻品种的微卫星分子标记和方法及其应用。所述微卫星分子标记在粳稻中的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示，在籼稻中的序列如SEQ ID NO：2所示。本发明还提供了一种用于检测上述微卫星分子标记的引物组，其序列如SEQ ID NO：3～SEQ ID NO：4所示。本发明所提供的微卫星分子标记特异性高，能方便准确的地将水稻栽培品种进行籼稻和粳稻的种质资源区分。本发明提供的微卫星分子标记在实际应用中，只需PCR结合酶切，成本低、通量高、特异性高，适用于生产实践。