本发明提供了一种机台的柔性加减速控制方法及系统，所述方法包括：在运行距离大于或等于加速运行距离与所述减速运行距离之和时，通过第一数学模型计算第一实际加速度和第一实际减速度；在第一实际加速度和第一实际减速度均小于或等于允许加速度最大值时，根据运行距离、起始速度、终止速度、加速时间、减速时间、给定最高运行速度、允许加速度最大值和允许速度最大值，规划所述机台的驱动轴的第一运行轨迹，并控制驱动轴以第一运行轨迹运行。本发明操作过程简单且运算量少，降低了服务器的负载，提高了服务器的工作效率，提升了机台的安全性、适用性和实用性。