本发明公开了一种基于电子动态调控的飞秒激光辅助蛋白质形核方法及系统，属于飞秒激光应用领域。本发明首先配制蛋白质过饱和溶液和结晶所需池液，确定待结晶蛋白质的烧蚀阈值和变性阈值；然后分别设计飞秒激光脉冲序列和电子动态调控的参数；利用设计的参数产生基于电子动态调控的飞秒激光脉冲序列，将其聚焦于配置的蛋白质过饱和溶液中；最后将该蛋白质过饱和溶液置于配置的池液环境中，在室温条件下密封静置，得到蛋白质晶体。本系统在现有光路基础上增设了时域整形单元或空域整形单元。本发明通过电子动态的调控来控制激光能量沉积的多少和形式，可实现在小于材料热破坏阈值的情况下更高的形核效率，和对于形核数量、晶形等的调控。