一种己二酸副产混合二元酸的提纯方法，具有以下步骤，1)取C4‑6混合二元酸粗品，与水混合溶解，降温至10‑20℃重结晶，过滤，得到湿晶；2)步骤1)湿晶溶解于水中，得到溶液，3)步骤2)溶液，进行第一次柱层析，得到脱色流出液；4)步骤3)脱色流出液，进行第二次柱层析，得到去离子流出液；5)步骤4)得到的去离子流出液，经浓缩、熔融、切片，得到C4‑6混合二元酸产品。本发明提纯方法具有工艺流程短、操作方便、实用性强、便于工业化应用等优点，C4‑6混合二元酸的回收率达到95％以上，得到的C4‑6混合二元酸产品中金属离子含量＜1ppm、二元酸纯度＞99％，可直接作为高附加值的化工产品。