本发明属于植物病原真菌筛选分离领域，具体涉及一种牡丹腔孢叶斑病菌分离筛选培养基及其应用。所述的牡丹腔孢叶斑病菌分离筛选培养基包含基础培养基和终浓度为50～100mg/L的硫酸链霉素、终浓度为3.125～12.5mg/L的代森锰锌、终浓度为0.5～2.5mg/L的多菌灵；其中，基础培养基为马铃薯蔗糖琼脂培养基。该牡丹腔孢叶斑病菌分离筛选培养基用于对牡丹腔孢叶斑病病株进行病原菌分离，具有操作简单，省时省力，可以在非无菌条件下进行，对试验人员的要求不高等特点。