本发明公开了一种基于增强相互作用网络的关键蛋白质识别方法，利用亚细胞定位和蛋白质复合物来度量原始的相互作用网络中相互作用真实存在的可能性，并将其作为相互作用的权重，从而构建起一个加权的、可靠的网络；针对上述加权网络中的相互作用，使用可信边聚集系数计算其在网络中所处位置的集聚程度；根据蛋白质结构域特异性，计算加权网络中蛋白质分子的结构域特异性得分，并进一步计算出相互作用的结构域特异性得分；结合相互作用的可信边聚集系数和结构域特异性得分，计算加权网络中所有蛋白质分子的关键性得分，根据得分高低排序并输出结果。使用本发明的方法可以更加准确且全面的评估蛋白质的关键性，提高识别精度。