本发明公开了一种筛选具有不同生育时期的大豆品种的方法及其专用试剂盒。本发明所提供的方法包括如下步骤：检测待测大豆品种的基因组DNA中在多态性位点组合的基因型，根据检测结果判断待测大豆品种的生育时期长短；多态性位点组合由InDel_‑1120、InDel_‑904～‑866、InDel_‑655、InDel_‑557、SNP_‑293和InDel_‑201～‑200组成。实验证明，利用本发明提供的方法筛选不同生育时期的大豆品种，操作简单且准确率高；通过检测大豆品种的基因组DNA即可预测大豆品种的生育时期，具有重要的应用价值。