本发明公开了一种FPGA高速SerDes接口的集成测试系统及方法，包括中央处理模块、交换机、数字程控电源、码型发生器、测试仪器模块和SerDes接口测试PCB，本发明通过集成分离的专项测试仪仪器，通过搭载SerDes接口测试PCB硬件平台，在中央处理模块中实现对测试仪器的远程控制和集成，同时，实现对所需参数的测试和记录，并将测试记录在中央处理模块上集中输出，从而实现对SerDes芯片参数的全覆盖测试，通过减少人工测试的干预，减少手动切换，操作的时间，大幅度提高FPGA芯片SerDes接口的测试效率。