本发明公开了一种针对肿瘤靶向药物耐药位点的多肽疫苗及其设计方法，设计方法包括如下步骤：收集靶向药物耐药突变数据；截取耐药突变多肽序列截取及预测MHC分子亲和力及免疫原性；靶向药物与耐药位点相互关系及药物聚类；人工设计相对应的疫苗多肽序列；通过这样的设计方法得到的靶向药物联合多肽疫苗组合能够覆盖常见的靶向治疗药物，可以有效降低肿瘤耐药发生概率，延长靶向药有效作用时间，增加患者的疾病响应率，具有广谱性，缩短个体化多肽疫苗从分析到治疗的时间，降低医疗成本。