本发明公开了一种芸薹链格孢Gb.PY‑F2及在制备抑菌剂中的应用，所述抑菌剂是芸薹链格孢Gb.PY‑F2经发酵培养获得的发酵液超声破碎后抽滤，取滤液经微孔滤膜过滤后浓缩，再用乙酸乙酯萃取，浓缩至恒重，获得芸薹链格孢Gb.PY‑F2代谢产物，即为抑菌剂。本发明提供一株新菌株‑‑银杏果内生真菌Gb.PY‑F2，芸薹链格孢Gb.PY‑F2代谢产物对金黄色葡萄球菌(CMCC(B)26003)的MIC＝1.5625mg/mL，通过微生物发酵得到具有抑菌活性的成分，产量大，工艺简单，更加安全，环保。