本发明提供一种鉴定辣椒CMS雄性不育恢复基因的KASP分子标记、试剂盒及其应用，涉及分子标记辅助育种技术领域，所述KASP分子标记由包括上游引物F1、上游引物F2和下游引物R的引物组扩增得到。利用本发明所述KASP分子标记可快速完成对辣椒CMS分离群体中的育性鉴定，快速判断辣椒是否含有CMS育性恢复基因，可进行批量实验，节省了大量人力，特别适用于大量样本的操作。本发明提供了鉴别辣椒CMS恢复基因的试剂盒以及鉴别方法准确性高。