本发明公开了一种基于医疗知识图谱的可视查询方法及查询系统，包括以下步骤：通过查询生成器引导和提示用户，构建获得适用于用户的查询条件；根据获得的查询条件，搜索查询获得点数据信息和边数据信息；根据获得点数据信息和边数据信息，构建医疗知识图谱并填充数据列表；将医疗知识图谱和数据列表绑定获得医疗知识图谱内各数据的具体属性；将数据列表与医疗百科交互，实现每个数据内容详细说明的展示；通过条件过滤和直接选中目标点的方法显示局部关系图，实现可视查询。本发明可解决由于新的医疗内容不断被开拓，新的医疗标准不断被制定，医疗数据难以检索，数据之间复杂关系难以可视化的问题。