本发明提供了一种超级电容水冷系统，包括依次设置的进水分水模块、主冷却模块以及集水出水模块，所述主冷却模块包括主水道单体以及至少一组主冷却单体，进水分水模块、集水出水模块、主冷却单体以及主水道单体内部均设有过水通道；主水道单体内部过水通道的两端分别连通所述进水分水模块的内部过水通道以及集水出水模块内部的过水通道，主冷却单体设置在主水道单体上，且主冷却单体内部过水通道的两端均与主水道单体内部的过水通道连通，用于实现冷却介质在主水道单体和主冷却单体间的来回流动。本发明的水冷系统整体的结构精简，采用模块化设计，将超级电容的散热方式由传统的风冷方式换成紧贴超级电容的水冷方式散热效率更高。