本发明公开了一种灵活蜡油加氢处理工艺。蜡油原料与氢气混合后进入第一加氢处理反应器，通过上部加氢处理催化剂床层后的物料分成两股；一股物料经床层中间抽出第一加氢处理反应器，并与LCO混合进入第二加氢处理反应器进行加氢反应；另一股物料继续向下流经下部的加氢处理催化剂床层，所得第一加氢处理反应物料和第二加氢处理反应物料进行气液分离和分馏，得到石脑油、柴油和加氢重馏分等。本发明提供了一种在一套加氢装置上灵活加工不同原料油，生产优质催化裂化原料的灵活加氢处理工艺，可以充分利用部分第一加氢处理物料所携带的热量，实现第一加氢处理反应器与第二加氢处理反应器的耦合操作。