本发明技术方案提供一种基于轨迹灵敏度的频率和电压协调辅助决策方法和系统。所述方法和系统确定被控变量和控制变量后，以投入控制量代价最小作为控制目标函数，并基于所述轨迹灵敏度，建立使频率和电压协调恢复的约束后求解所述控制目标函数和约束组成的二次规划模型，确定优化的控制变量向量变化量，将所述控制变量向量变化量和既有控制变量合并，形成辅助决策，最后在所述辅助决策投入的条件下进行电力系统动态仿真，确定系统频率和电压是否得到有效恢复。所述的方法和系统实施后能够使系统频率和电压得到有效恢复，而且，在系统原有辅助决策的基础上进行辅助决策计算，既减少了优化次数，又提高了辅助决策的有效性。