本发明公开了一种与芹菜细胞质雄性不育基因共分离的分子标记与应用。本发明提供了检测待测芹菜基因组中是否含有序列3所示的核苷酸或其衍生物的物质如下1)‑6)中至少一种中的应用：1)鉴定或辅助鉴定待测芹菜育性；2)制备鉴定或辅助鉴定待测芹菜育性的产品；3)选育不育芹菜；4)制备选育不育芹菜的产品；5)选育可育芹菜；6)制备选育可育芹菜的产品。本发明最先发现的有关于芹菜细胞质雄性不育系相关基因的标记，并且可以通过提取芹菜基因组DNA进行材料育性的鉴定，简便易行，鉴定成本低，可用于生产中大批量鉴定。