本发明涉及一种水库群联合防洪调度的风险分析方法及决策方法，包括：每种调度方案基于多种不确定性因素，对水库群进行n次模拟调度，得到该种调度方案下各个水库的最大占用库容序列；基于每个水库的最大占用库容序列，计算各水库在各调度方案下的多种风险评估指标；基于各个水库的权重和多种风险评估指标，计算水库群在每个调度方案下的多种综合风险评估指标；基于水库群在各个调度方案下的多种综合风险评估指标，对多种调度方案进行决策优选。本发明考虑防洪调度过程中存在的多重不确定性因素，并融合多种风险指标，将多种风险指标在各水库之间进行加权耦合，解析水库群联合防洪调度对多重不确定性因素的响应规律，有效提高风险分析的准确性。