本发明提供一种燃料电池系统及其空气供应控制方法，控制方法包括如下步骤：检测当前的环境气压，并得到当前的环境气压得到燃料电池电堆输出最大电压时所需的入堆空气压力和入堆空气流量；检测燃料电池的当前入堆空气压力和实际入堆空气流量；根据燃料电池所需入堆空气压力与当前入堆空气压力之间的差值，以及燃料电池所需入堆流量与当前入堆空气流量之间的差值，控制燃料电池的进气压力调节装置或排气压力调节装置的工作状态。本发明所提供的技术方案，使入堆空气压力和入堆空气流量都能够满足燃料电池电堆输出最大电压时的需求，解决由于供氧不足而导致燃料电池性能下降的问题。