本发明公开了一种基于分解文化进化算法的多目标生态调度方法和系统，属于水电能源优化领域，包括：以水位为自变量，以发电量最大、生态流量改变度最小和最小出力最大化为目标建立多目标函数模型；为多目标函数模型生成多组权重向量，初始化邻域索引集和归档集，随机生成包含多个个体的初始种群，对于每个个体，从其邻域索引集中随机选取父代个体进行交叉变异得到子代个体，将父代个体和子代个体进行比较并保留较优个体；当初始种群中每个个体都完成上述操作后则初始种群进化完成，当进化次数满足预设次数，得到最终的归档集，最终的归档集是最优水库调度方案。本发明对多个目标进行评估，适用性强，可得到经济可靠的水电站优化调度方案。