本发明公开了一种猪圆环病毒3型（PCV3）感染性克隆的构建方法及鉴定方法，构建时利用圆环病毒本身的特性，即PCV3的核酸为环状DNA，任何位置都可以看做是起始位点也可以看做是终点的特征，首先对PCV3的DNA序列进行重排，再对其进行改造。以往的研究仅是根据临床组织进行PCV3病毒的鉴定，对于检测病原的Western blot鉴定标准一直未见报道。因此，本发明在制备PCV3 Cap单克隆抗体的基础上，再进行感染性克隆的构建及鉴定。本发明方法不利用外源质粒获得PCV3感染性克隆，从而排除外源基因的感染；设计独特的检测引物，该引物仅能对环状PCV3 DNA进行PCR检测，对于成环前的PCV3 DNA不能进行PCR检测。PCR检测使用了PCV3的特异性单克隆抗体对其进行检测，实验数据更加可信。