本发明公开了一种基于硅烷疏水改性的聚酰亚胺气凝胶及其制备方法，涉及气凝胶领域。所述疏水性聚酰亚胺气凝胶结构中含有10～30wt％的聚硅氧烷。疏水性聚酰亚胺气凝胶可通过两种方法制得，方法一是可先将含氨基的烷氧基硅烷结构引入聚酰亚胺结构中，生成含烷氧基硅烷侧基的聚酰亚胺，再与含羟基的聚硅氧烷经水解、缩合反应制备得到；方法二是同时将氨基的聚硅氧烷结构和含氨基的烷氧基硅烷结构引入聚酰亚胺结构中，经水解、缩合反应制备得到。所述的聚酰亚胺气凝胶密度小于0.4g/cm3、比表面积大于200m2/g且与水的接触角大于120°。本发明制备的聚酰亚胺气凝胶疏水性好，对单体无选择性，且制备方法简便。