本发明提供了一种扩增鹅掌楸DNA条形码的引物对和鹅掌楸及其种源的鉴定方法，属于植物分子鉴定技术领域，所述扩增鹅掌楸DNA条形码引物对，包括上游扩增引物和下游扩增引物；所述上游扩增引物的序列如SEQ ID No.1所示；所述下游扩增引物的序列如SEQ ID No.2所示。本发明提供的鹅掌楸鉴定方法，包括以下步骤：1)提取待检测样本的全基因组DNA；2)以全基因组DNA为模板，用所述的DNA条形码引物对进行PCR扩增获得扩增产物；3)对所述扩增产物进行测序，获得扩增产物的具体序列信息，将具体序列信息与鹅掌楸DNA条形码标准序列进行比对，确定待测样品的树种和地域种源，所述方法操作简单，准确率高。