本发明公开了一种基于模型交替的抗遮挡目标跟踪方法及系统，利用全局模型和分块模型交替使用的方法，在全局模型中使用多特征融合定位，在分块模型中使用多子块融合定位，最终实现抗遮挡的目标跟踪。本发明通过结合全局模型与分块模型的互补性优势以解决目标遮挡问题，跟踪准确率高，又可避免同时运行两个模型导致的耗时过长；通过对跟踪响应进行置信度评估，利用归一化峰值旁瓣比衡量响应分布的稳定性，利用相邻两帧的响应图的归一化互相关系数衡量跟踪状态的时域稳定性，结合两者准确地度量了跟踪响应的置信度，将所述置信度与预设阈值比较实现了模型交替条件的有效判断。