本发明公开了一种利用微波降解农药残留的方法，采用频率为890-2500MHz、功率500-1200W的微波对水果或非叶类蔬菜农药残留进行降解，采用间歇处理的方法，微波作用时间为10-30s，停顿时间为3-8s，重复微波操作，再结合微电解技术，微电解强度为0.5-2V/cm，功率为100-500W，微电解时间为5-20min，对水果或非叶类蔬菜中残留的农药进行更深一步的降解。通过本发明可以有效地降解水果或非叶类蔬菜中的农药残留，降解效率最高可达93%，工艺简单，操作方便，且操作成本低，可工业化推广。