本发明公开了一种跨海长桥桥墩绝对沉降量的测量方法及系统，涉及桥梁测量技术领域，包括以下步骤：选择首尾两个桥墩及首尾两个桥墩之间间隔的若干桥墩作为测站墩，相邻两个测站墩之间的桥墩作为测点墩，获取每个测站墩的绝对沉降高程值；对每相邻的两个测站墩，测量另一测站墩的基准点相对基准测站墩的基准点的距离和竖直角，再测量该相邻两个测站墩之间的每个测点墩的监测点相对于基准测站墩的基准点的距离和竖直角，以计算该相邻两个测站墩之间每个测点墩的绝对沉降高程值；多次重复上述步骤，将后续每次得到的测站墩和测点墩绝对沉降高程值与第一次比较，以得到该次测站墩和测点墩的绝对沉降量。本发明在保证测量精度情况下，测量成本低。