本发明提供了一种环境友好型氟喹诺酮分子衍生物制备方法，属于喹诺酮类抗生素技术领域。该方法构建HQSAR模型，采用修饰基团对目标FQs分子进行分子修饰，获得FQs分子衍生物；筛选出遗传毒性值高于目标FQs分子的遗传毒性值的FQs分子衍生物，再筛选出同时满足生物富集性阈值和降解性阈值的FQs分子衍生物，最后筛选出肺炎链球菌遗传毒性满足预设肺炎链球菌遗传毒性阈值FQs分子衍生物。本发明为更加深入探究FQs的特性(毒性、光降解性、生物降解性、生物富集性)以及遗传毒性作用机理提供了依据，找到了影响FQs遗传毒性的关键位点及作用因素，实现FQs分子环境友好型、及其衍生物的高杀菌性的分子改造，为FQs的分子改造与筛选提供了全新的思路。