本发明公开了一种速率模式飞轮姿态控制系统飞轮组合平稳切换方法，包含：S1，根据飞轮组合切换时刻待退出飞轮wi的指令角动量或实际角动量规划卸载函数；S2，从切换时刻起将规划的卸载函数作为角动量指令施加给退出飞轮wi，将所述飞轮wi的角动量卸载到零；S3，对飞轮施加卸载角动量的同时，将卸载角动量前馈到控制器计算新的控制指令角动量；S4，新的控制量通过飞轮组合B的分配矩阵计算出各飞轮的指令角动量并施加给飞轮组合B中各飞轮。本发明能够使得卫星在飞轮组合切换时不出现姿态抖动而实现平稳切换，从而保证卫星平台在飞轮组合切换期间仍能连续稳定工作。