一种玉米小斑病菌ChCDC3基因及其应用属微生物基因工程技术领域，本发明提供的来自玉米小斑病菌的控制菌落生长速率、分生孢子形成和子囊孢子形成的ChCDC3基因，其DNA序列如SEQ ID No:1所示；提供的ChCDC3基因所编码的蛋白质，其氨基酸序列如SEQ ID No:2所示；ChCDC3基因可在植物抗玉米小斑病基因工程领域中应用；通过对玉米小斑病菌控制菌落生长速率、分生孢子和子囊孢子形成的蛋白质ChCDC3进行缺失、突变或修饰，而使其生长缓慢、分生孢子和子囊孢子形成受限，导致玉米小斑病菌生命循环受阻，可作为靶标在设计和筛选抗玉米小斑病药剂中应用，尤其是在植物中不存在该类蛋白质，对植物安全。