本发明公开了一种吹填区底泥盐分扩散系数中尺度试验测定方法，属于环境技术领域，搭建若干组相同厚度底泥，不同水位下底泥盐分释出的试验平台；通过将土壤电导率传感器布设在底泥中，将水体电导率传感器布设在底泥‑水交界面和水体中间位置，利用标定的研究区土体及水体电导率与含盐量的相关曲线将监测所得电导率数据转换为含盐量，再利用GMS软件搭建与试验平台对应的数值模型，通过拟合含盐量‑时间序列数据获取中尺度下底泥盐分释出的分子扩散系数以及盐分在水体中的分子扩散系数。本发明综合搭建了中尺度底泥盐分扩散系数中尺度试验平台和相应数值模型，实时监测底泥及水体中的盐分释出及迁移情况，并通过数值模型拟合获取底泥及水体中的盐分扩散系数，精度较高。