本发明公开了一种保证双域系统一致性的方法、装置及电子设备。所述方法包括：第一系统切换到第二系统时，对所述第一系统进行特征值计算获取系统关闭特征值并存储；第二系统重新切换到第一系统时，重新对所述第一系统进行特征值计算获得系统启动特征值；判断所述系统启动特征值与所述第一系统在上一次关闭时的所述系统关闭特征值是否相同；若否，则停止所述第一系统的启动并发出告警信息。本发明所述方法、装置及电子设备，能够对双域系统中的各个系统进行一致性检查，保证系统的安全性。