本发明公开了一种区域轨道交通网络时刻表协调优化方法，包括以下步骤：确定进行时刻表协调的网络，获取基础数据，确定多个时刻表协调备选方案；通过基础数据进行车站环境建模，获取车站环境模型；通过车站环境模型和基础数据进行行人行为建模，获取行人行为模型；通过基础数据进行列车行为建模，获取列车行为模型；通过列车行为模型和行人行为模型获取列车智能体模型和行人智能体模型；通过车站环境模型、行人智能体模型和列车智能体模型获取统计模型；通过统计模型获取多个时刻表协调备选方案的站台区域密度、平均候车时间和完成候车总人数，评估以后获取最优时刻表。本发明能够实现最优区域轨道交通网络时刻表协调。