本发明提供一种发电机组并机控制系统，包括第一发电机组、第一并机控制器、第一配电柜并共同构成第一动力组，其中所述第一配电柜设置手动并机开关和自动并机开关；还包括第二发电机组、第二并机控制器、第二配电柜并共同构成第二动力组；利用所述第一并机控制器和所述第二并机控制器通过总线连接通讯，按设定条件将所述发电机组并机控制系统的负载功率调节分配于两组发电机组，以实现所述发电机组并机控制系统的整机功率由两组发电机组并机供电并自动分配负载，从而实现单、双发电机组供电自动切换。本发明还提供一种轨道工程车。与相关技术相比，本发明的发电机组并机控制系统及轨道工程车结构简单，操作便捷且可靠性好。