本发明公开了一种基于液体弹珠的等电聚焦装置及方法：用疏水性SiO2纳米溶胶涂覆培养皿表面，自然晾干；将蛋白质样品、载体两性电解质及羟乙基纤维素的混合溶液滴加在培养皿表面，滚动液滴使疏水性SiO2纳米颗粒包裹在液滴表面形成液体弹珠，吸出液体弹珠内部分液体后将液体弹珠塑型成柱状分离通道，然后在柱状分离通道的两端分别构建包含酸性溶液、碱性溶液的液体弹珠，最后将柱状分离通道与两端的酸、碱溶液连通并施加直流电压，使蛋白质样品内各组分通过等电聚焦分离。本发明具有成本低、装置小型化、样品制备量大和分离组分易收集的特点。