本发明公开了一种扇贝‑刺参底层生态综合养殖装置及其使用方法，属于水产养殖技术领域。本发明所述扇贝‑刺参底层生态综合养殖装置包括多层立体支撑架和养殖箱，多层立体支撑架具有四棱台形框架底座和长方体框架，长方体框架内有多层水平槽轨道层，可将扇贝或刺参放置于养殖网内并放置于水平槽轨道内，安装栏栅以固定养殖筐，投放到海底后，上层扇贝养殖的排泄物和扇贝死亡后的腐殖质沉降下来后进入最底层养殖筐内，成为刺参的食物，达到生态综合养殖的效果。