本发明涉及种苗高通量繁育技术领域，特别涉及一种枫茅种苗的高通量繁育方法。该方法包括：将枫茅母体分株表面的叶鞘去除，取靠近根端、半木质化的茎段基部作为外植体，清洗、消毒灭菌；将灭菌后的外植体接种到愈伤组织诱导培养基上进行愈伤组织诱导，得到愈伤组织；将愈伤组织接种到丛生芽诱导培养基上进行丛生芽诱导，得到丛生芽；将丛生芽进行分株后，接种到增殖生根培养基上进行增殖生根，得到完整植株。本发明实现了一根茎段基部通过培养，能够拥有18‑25根以上丛生芽的分化率，对日后的枫茅种苗的高通量繁育与基因工程学研究具有重要意义。