本发明涉及一种用于冷原子干涉仪激光输出控制的参考频率源装置及方法，其技术特点是：通过上位机用户界面设置参考频率源的输出模式、输出频率和时间参数，通过倍频器将DDS芯片的输出信号与外部高稳时间基准同步；FPGA芯片接收到上位机用户界面的模式指令和参数后，向DDS发送控制字，在外部触发信号和内部定时器的控制下，按照用户设置控制DDS输出定频、动态跳频或扫频信号。本发明设计合理，具有功能完善、结构简便、应用灵活性和可移植性好等特点，能够克服现有国内外各项技术方案复杂的电路结构设计和繁冗的模块间信号通路连接等问题，有利于集成化、小型化和提高控制稳定性。