本发明公开了一株可高温发酵生产DHA的菌株及其应用，该菌株可在35℃条件下高产二十二碳六烯酸油脂，本发明利用菌种连续驯化技术定向改造菌株，结合发酵控制策略，获取可在高温下快速生长、快速积累DHA的菌株，连续高温驯化后的裂殖壶菌，菌种的生长速度大幅度提升，在正常发酵温度下培养，细胞生长速度提高了75.43％，在高温发酵条件下发酵周期缩短25h，细胞生长速度是原始菌株的2.10倍。另外，该菌株的β‑胡萝卜素产率提高了57.75％。本发明的菌株在高温35℃条件下也可实现DHA的高效生产，减少了在高温地区生产的能耗，降低了发酵成本，适合工业化生产。