本发明公开了一种高通量检测玉米花粉中初生代谢物的质谱方法，首先采用气质联用技术对普通玉米花粉代谢组提取液进行快速分析，得到其全面的代谢轮廓谱。首次系统鉴定了花粉中含有的67种初生代谢物。然后针对67种初生代谢物建立一种靶标代谢组分析方法，可以一次性对玉米花粉初生代谢组进行定量分析。包括:样品前处理、色谱质谱分离、代谢物结果鉴定、代谢物的定量分析。该方法重复性好，稳定性高，快速可靠，适用于玉米花粉以及其他作物花粉样品的初生代谢组分析。