本发明提供了一种改善功能性消化不良的菊芋粕菊粉及其制备方法和应用，属于天然产物深加工技术领域。菊芋粕菊粉的制备方法，包括以下步骤：将菊芋粕粉末和含有糖苷酶的缓冲液混合，酶解提取；将提取液经超滤去除蛋白质和果胶大分子杂质；将得到的菊芋粕菊粉粗提液进行脱盐纯化处理；将脱盐菊芋粕菊粉提取液进行二次超滤除去单糖和寡糖小分子杂质，干燥得到菊芋粕菊粉。与传统热水浸提法相比，菊芋粕菊粉得率提高。菊芋粕菊粉在制备治疗功能性消化不良的药物中应用。同时菊芋粕菊粉还可以在改善胃内容物残留率和胃肠激素水平、肠道菌群紊乱和/或氧化应激水平的保健品中应用。