本发明涉及船舶定位技术领域，具体公开了一种深水大落差V形河谷条件下的船舶定位系统包括：定位船系统、运输船岸边锚固系统；定位船系统包括：定位船、定位船岸边卷扬系统、定位船绞锚系统；运输船岸边锚固系统包括：设置于运输船船头的运输船卷扬机、设置于岸边的岸锚。本发明还公开采用该系统对运输船进行定位的具体方法，通过本发明提供的技术方案能够解决现有技术中运输船船舶在深水河谷条件下采用常规定位方法抛锚起锚时间长、工作量大的难题，能够满足运输船在不同位置定位的要求，并且在非工作期间，定位船可以移动至航道外侧，从而降低对航道的干扰。