本申请涉及一种燃料电池动力系统分层协调控制方法与系统。其中，所述燃料电池动力系统分层协调控制方法，一方面，通过预设时间段后的整车需求功率和当前时间节点下的部件状态信息，生成为达到所述整车需求功率，燃料电池系统应调整参数，使得燃料电池系统可以动态跟随所述整车需求功率，且燃料电池系统内部状态均匀，空压机不产生缺气现象。另一方面，依据整车需求功率和部件状态信息，确定动力电池应当采取的充放电动作，使得动力电池的荷电状态值保持在合理区间，尽可能的减少动力电池充放电次数，在不影响动力电池电能换能效率的条件下达到整车需求功率，不额外增加功耗。