一种高海拔地区隧道工程中针对不良地质的施工方法，包括以下步骤：（1）提供超前地质报告；（2）超前支护施工；（3）隧道掘进；（4）针对涌水进行排水处理；（5）初期支护施工；（6）初期支护完成后，对拱顶拱腰变形较大位置进行注浆加固；（7）在低温混凝土表面敷设一层防水层，并使用土工布防护；（8）仰拱和二衬施工。本发明的施工方法有效地降低了不良地质对隧道施工的破坏程度和施工风险，确保了施工安全，为高海拔隧道设计与施工提供了大量的宝贵经验，并为高海拔、高寒地区的隧道设计施工起到了有利的指导和借鉴作用。