本发明公开了一种从螺旋藻中提取高纯度藻蓝蛋白联产多糖的方法，包括：以水涨破法对螺旋藻粉进行破碎，得螺旋藻破碎液；将螺旋藻破碎液离心，得到上清液，并收集螺旋藻藻渣沉淀；向上清液中添加硫酸铵粉末至其饱和度为20-30％，静置，离心，取上清，得到藻蓝蛋白粗提液；将藻蓝蛋白粗提液上样到疏水色谱柱中进行纯化，经分步洗脱，得到高纯度藻蓝蛋白；以螺旋藻藻渣为原料，经超声抽提和乙醇沉淀，提取制备螺旋藻多糖。通过一步盐析法制得藻蓝蛋白粗提液，并利用疏水层析法分离得到高纯度藻蓝蛋白；从脱藻蓝蛋白的螺旋藻藻渣中还可以联产高附加值产品螺旋藻多糖，既提高了经济效益，又解决了藻蓝蛋白和多糖规模化制备中成本高的问题。