本发明提供一种转子系统及其控制方法和燃气轮机发电机组及其控制方法，其中，转子系统包括：第一转轴，第一转轴上依次设置有透平、第一径向轴承、压气机和推力轴承，推力轴承位于压气机的进气口所在的一侧，且与压气机之间间隔预定距离，以使推力轴承不阻挡压气机的进气口；与第一转轴通过联轴器连接的第二转轴，第二转轴上依次设置有第二径向轴承、电机和第三径向轴承。本发明中，通过将推力轴承布置在转子系统的冷端，推力轴承可采用气磁混合推力轴承；还能够使整个转子系统的重心位于最远两个径向轴承之间，以使整个转子系统结构稳定。