本发明提供一种微电网保护控制系统，包括基于中央控制器运行的孤岛检测系统、并离网切换控制系统、低电压穿越系统和群组协调控制系统；所述孤岛检测系统，将频率变化率检测引入孤岛检测算法；所述并离网控制系统，基于VF控制器输出与PQ控制器输出负反馈状态跟随控制并网转离网和离网转并网无缝切换；所述低电压穿越系统包括微电网故障保护和低电压穿越控制；所述低电压穿越控制基于动态无功电流支撑的光伏逆变器和直流电压控制器进行快速切换；所述群组协调控制系统，建立基于预测控制的微电网群协调控制优化模型，在优化模型中引入拉格朗日协调因子，用于各微电网之间输出功率的合理分配。本发明综合保护控制，提高微电网保护可靠性。